Использование подстановки в пример чего-либо берет свое начало в Месопотамии в 4 тысячелетии до нашей эры. С целью сокрытия информации о рецепте производства глазури для гончарных изделий автор заменял часть слов на цифры и клинописные знаки. Применение шифров простой замены было затруднено большим количеством знаков, используемых для идеографического письма. С появлением фонетического алфавита шифрование сильно упростилось и получило распространение в различных странах Древнего мира. Римский император Гай Юлий Цезарь при написании секретных сообщений смещал каждую букву алфавита на 3 позиции. Данный вид шифров подстановки в последствии назвали его именем, шифр Цезаря. Другой не менее известный шифр Античности, Атбаш, применялся в Библии для создания скрытых посланий. Каждая буква слова заменялась ее зеркальным отражением в алфавите.