Язнаю что глагол to do употребляется в простом настоящем и времени. например предложение: ты сейчас идешь в школу? (это вопросительное предложение,настоящего времени) тогда почему там нет to do? и все в подробностях

Потому что Ты сейчас идешь в школу?-это настоящее продолженное время(Present Continuos)- это то, что ты делаешь сейчас, в данный момент. Здесь нам нужен глагол to be плюс глагол с окончанием -ing. т..е.Are you going to school now? (если  непонятно спрашивай)