Размножение солнечников бесполое - делением пополам или почкованием. Возможен половой путь размножения с формированием амебоидных, иногда жгутиковых гамет. Представители некоторых видов солнечников переходить целиком в жгутиковую форму. При неблагоприятных условиях внешней среды и перед половым размножением солнечники трансформируются в цисты.
