Любая мутация, может быть полезной нейтральной или вредной, вредные мутации приводят к гибели организма и не передаются дальше, полезные и нейтральные сохраняются, если бактерии болезнетворные, и возникла мутация устойчивости к антибиотику, то она будет полезна для популяции, т.к приведет к выживаемости.
