Шишка у голосеменных - это укороченный и видоизмененный побег. он продуцирует клетки с гаплоидным набором хромосом (семена или пыльцу). если эволюционно, то это гаметофит, разучившийся отделяться от спорофита)) в процессе освоения суши голосеменными.
