Теория симбиогене́за (симбиотическая теория, эндосимбиотическая теория, теория эндосимбиоза) объясняет механизм возникновения некоторых органоидов эукариотической клетки — митохондрий, гидрогеносом и пластид. В рамках ТЭ хорошо известна и обоснована так называемая симбиотическая теория происхождения некоторых клеточных органелл (главным образом, хлоропластов и митохондрий). Бывшая некогда непопулярной ввиду детального изучения этих органелл данная теория (или модель) получила довольно твёрдые подтверждения и в настоящее время в научной среде не вызывает сомнения. Чтобы сузить круг вопроса, предлагаю рассмотреть только происхождение хлоропластов - зелёных пластид, имеющих полифилетическое происхождеие у разных систематических групп. Их симбиотическое происхождение подтверждалось постепенно, пока не накопилась некая критическая масса данных, сделавших в научной среде её практически общепринятой и неоспоримой. Дело в том, что только в рамках эволюционной теории (ЭТ) может быть объяснено (и даже предсказано) столь большое количество фактов. Дело здесь далеко не только в том, что есть собственная ДНК и частично аппарат синтеза белка так сходный с аппаратом прокариот. Объём этих фактов довольно большой. Поэтому резюмирую их кратко. 1. Наличие двойной мембраны, у которой внутренняя очень сходна как раз с мембраной прокариот. В этом случае, как правило, наблюдается сходство самой пластиды с в разной степени деградировавшим фотоситетическим прокариотом - или с сине-зелёной водорослью, или другими фотосинтетическими бактериями - происхождение пластид полифилетично. В некоторых группах фотосинтетиков у пластид сохраняется также пептидогликановая стенка - типичное свойство прокариот. Выявлены примеры разной степени интергарции настоящих пластид, захваченной клетками в существнно разное время. 2. Наличие тройной или четверной мембраны. В этом случае, как правило, наблюдается очень большое сходство с в разной степенью дегенерировавшими (очень большое количество переходных форм) симбиотическими эвкариотами. То есть наблюдается двойной или даже тройной симбиоз. То есть есть формы с двойным симбиозом, в котором сохранились лишь отдельные его следы (тройная или четверная мембрана, смешанные гены, гомологичные разным организмам. Есть промежуточные формы с ещё сохранившимся старым ядром (нуклеоморфом). Есть хлоропласты с уже довольно интегрированными органеллами. А есть формы, которые очень близки к обычным факультативным (обязательным, без которых организм жить не может) или облигатным (временным или необязательным) эндосибионтам.
