По внешнему виду кукушкин лен представляет собой травянистое растение высотой около 20 см. Стебель обычно не ветвится, имеет зеленовато-бурый оттенок. На стебле располагаются множество зауженных тонких листьев. На них можно увидеть жилку. К почве кукушкин лен прикрепляется с ризоидов (подобия корней, так как у них нет характерных для корней тканей).
