У хрящевых скелет из хряща, жаберных крышек нет (кроме химер) , жабры образуют 5-7 щелей, нет плавательного пузыря, кишечник короткий со спиральным клапаном, хвостовой плавник ассиметричный, позвоночник заходит в верхнюю лопасть, оплодотворение внутреннее, по большей части живородящи. У костистых чешуя костная, скелет преимущественно костный, жабры с крышками, пузырь обычно есть, есть боковая линия, оплодотворение как правило наружное.
У хрящевых рыб, в отличие от костных, в течение всей жизни сохраняется хрящевой скелет. Из-за отсутствия жаберных крышек их жаберные щели остаются открытыми. Только у некоторых плащеносных акул и химер они прикрыты особой складкой кожи. Парные плавники (грудные и брюшные) хрящевых рыб расположены в горизонтальной плоскости относительно продольной оси тела. Из-за отсутствия плавательного пузыря хрящевые рыбы вынуждены постоянно перемещаться в воде, чтобы обеспечить положительную плавучесть. В отличие от костных рыб, для которых характерно наружное оплодотворение, у хрящевых рыб наблюдается внутреннее оплодотворение, а у некоторых даже живорождение.
