Различия в составе высотных поясов связаны с географическим положением и экспозицией склонов. По склонам Алтая до высоты 500 м на севере и 1500 м на юге поднимаются степи. В прошлом ковыльные и разнотравные степи располагались и по днищу межгорных котловин. Ныне плодородные черноземы степных котловин почти полностью распаханы. Выше пояса степей на влажных западных склонах Алтая находятся елово-пихтовые леса с примесью кедра. В более сухих Саянах, Байкальских горах и в Забайкалье господствуют сосново-лиственничные леса. Под лесами сформировались горно-таежные мерзлотные почвы. Верхняя часть пояса лесов занята кедровым стлаником. В Забайкалье и на Алданском нагорье зона лесов почти полностью состоит из кустарниковых зарослей кедрового стланика. Выше лесов на Алтае находятся субальпийские и альпийские луга. В Саянах, на Байкальском и Алданском нагорьях, где значительно холоднее, верхние участки гор заняты горной тундрой с карликовой березой.