Индийский океан отличается также значительной средней глубиной (3900 м), около 50% его площади имеет 4500—5000 м глубины. Для него характерны два поднятия дна, из которых одно является как бы южным продолжением Индостана, а второе— северным продолжением Антарктиды. Эти поднятия делят Индийский океан на две части: западную и восточную — с глубинами от 4 до 6 тыс. м. Наиболее глубокие впадины, имеющие вид вытянутых ложбин, лежат в восточной части. Самая глубокая из них у Зондских островов от 5 до 7 тыс. м.