Годунов стремился к сплочению господствующего сословия. Вся внутренняя политика была направлена на стабилизацию положения внутри страны. С этой целью в 1589 г. он проводит реформу патриаршества. Русская церковь становится независимой от константинопольского патриарха, но попадает под контроль царя. При Годунове возникли новые города - Саратов, Самара, Царицын, Уфа, Воронеж. Облегчилось положение посадского населения - у крупных феодалов отняли право держать не платящих подати ремесленников и торговцев. Все, кто занимался промыслами и торговлей, объединялись в посадские общины и облагались единым государственным налогом - «тянули тягло». Экономический подъем 90-х гг. был прерван неурожаями 1601-1603 гг., долгие дожди не дали собрать урожай. Борис Годунов пытался бороться с голодом - организовал раздачу денег, хлеба, обеспечивал крестьян работой. Со всей страны к Москве и крупным городам устремились голодающие. Положение усугублялось начавшейся спекуляцией и обесцениванием денег. Бояре, монахи и даже патриарх отказали простому люду в Голод принял невиданные масштабы. По мнению некоторых историков, причины этой трагедии коренились в крепостничестве, но даже мысль о восстановлении права крестьян на переход не приходила царю в голову. Единственной мерой, на которую он решился, было разрешение в 1601-1602 гг. временного ограниченного перехода некоторых категорий крестьян от одного помещика к другому. Эти указы не принесли облегчения крестьянам. Народные волнения охватывали все большие территории. Москва оказалась в кольце восстаний. В 1603 г. вспыхнуло крупное восстание в Подмосковье под предводительством Хлопка. На подавление этих волнений были брошены большие силы. Обострение внутриполитической ситуации привело к резкому падению престижа Бориса Годунова и в народных массах, и в среде феодалов. В этих условиях, в 1601 г. в Польше появился молодой человек, выдавший себя за чудом царевича Дмитрия - Лжедмитрий.