Новый этап в развитии местного самоуправления связан с периодом становления и развития Русского централизованного государства в XVI веке, во время правления Ивана IV Грозного. Если в Новгородской республике местное самоуправление, как разновидность управления еще не вполне отпочковалось от государственного, то в рассматриваемый период, в ходе проведенных губной (30-е гг. XVI в.) и земской (50-е гг. XVI в.) реформ, началось формирование его подлинных основ, структур и элементов, хотя и в интересах прежде всего самодержавной власти, решительно боровшейся за свои привилегии с боярской оппозицией. Русское государство представляло собой в это время объединение земель без жесткой вертикальной системы соподчинения (центр - периферия), а местные органы власти имели достаточно высокую степень автономии. Важное значение имело взаимодействие верховной власти и сословий (служилых и тяглых) посредством сословно-представительных учреждений - Земских соборов, или как их еще называли - «Советов всея земли». В течение XVI в. происходило дальнейшее отделение городского общества от сельского, формировались особые разряды городского населения, отличавшиеся по функциям и со своими правами: приказные, посадские, ратные люди. Города стали превращаться в центры ремесла и торговли, а их население в целом поддерживало претензии Ивана IV на ограничение прав крупных землевладельцев. Можно утверждать, что в Московской Руси в это время наметился явный альянс между центральной властью и горожанами, такой же, что складывался в XVI в. в Западной Европе между королевской властью и буржуазией против феодалов. Социально-экономическое развитие Московской Руси непосредственным образом сказалось и на развитии местного самоуправления. В международной практике того времени складывались два управления территориями: 1) децентрализаторский, когда важную роль играют местное управление и самоуправление, представители которого выбираются населением; 2) централизаторский, когда сверху донизу - государственная власть, всячески ограничивающая местное управление и самоуправление. Россия, начиная с Ивана Грозного, пошла вторым путем: вместо старого патриархального управления, рассчитанного на небольшие владения, самодержцы стали создавать совершенно новый, разветвленный абсолютистский аппарат власти, охватывающий и пронизывающий все государство. Постепенно центральная власть стала подминать под себя и сокрушать старинные вольности городов и других территориальных образований. Именно с этого периода еще более углубилась пропасть, возникшая в XIV в. и еще дальше разошлись пути развития европейских и русских городов. Уже в XIII-XIV вв. многие города Европы в результате вооруженной борьбы, или как в Магдебурге путем выкупа ряда должностей, освободились от власти сеньоров и епископов и превратились в вольные самоуправляющиеся общины.
