Роман состоит из 34 глав, разбитых на 6 частей. Повествование ведётся от лица главного героя, сына владельцев трактира — юного Джима Хокинса (за исключением глав 16-18, где рассказчиком выступает доктор Ливси) . События романа происходят примерно в середине XVIII-го века. Начинаются они на юго-западе Англии, недалеко от Бристоля, в небольшом прибрежном трактире «Адмирал Бенбоу» . Однажды в трактире поселился новый постоялец — бывший моряк, которого зовут Билли Бонс. Спустя некоторое время, к нему начинают приходить странные гости. Первым пришёл моряк по кличке «Чёрный Пёс» , старый знакомый Билла. Они ссорятся, Бонс ранит Чёрного Пса, но тот бегством. Затем Билли посещает страшный слепой нищий, который передал ему чёрную метку — грозное пиратское предупреждение вожакам, которые нарушают интересы команды. Билли, получив метку, решает поспешно покинуть насиженное место, но внезапно умирает от апоплексического удара. Джим и его мать, которым Билли задолжал денег за постой, обыскивают мёртвого моряка и его вещи. На дне его сундука они обнаруживают деньги и пакет бумаг. Из этих бумаг становится ясно, что Бонс был первым штурманом на корабле известного пирата Флинта и владел картой того места, где хранятся его знаменитые сокровища. Джим едва успел забрать бумаги Флинта из-под носа слепого Пью и его головорезов, которые нападают на трактир «Адмирал Бенбоу» с целью завладеть картой. Бонс, Чёрный Пёс, слепой Пью и остальные — все они бывшие члены команды «Моржа» , пиратского судна капитана Флинта. Внезапно на Джиму и его матери приходит отряд королевских таможенников. Слепой Пью трагически погибает, а остальные пираты спешно бегством — их успешный отход прикрывает команда пиратского люггера, на котором находятся их сообщники. Джим передаёт документы и карту доктору Ливси и сквайру Трелони. Состоятельный Трелони начинает подготовку экспедиции и поручает дельцу Блендли снарядить для экспедиции подходящее судно — шхуну «Испаньола» . Капитан «Испаньолы» Смоллетт выражает большие сомнения в надёжности команды, а в особенности не доверяет своему штурману Эрроу, но уступает уговорам доктора Ливси и снисходительности Трелони. «Испаньола» отправляется из Бристоля к Острову сокровищ. В пути Джиму удаётся подслушать тайный разговор матроса Дика, боцманмата Израэля Хендса и кока, одноногого Джона Сильвера, по прозвищу Окорок (англ. Barbecue), он же Долговязый Джон. Оказывается, что экипаж, который нанял Трелони, большей частью состоит из бывшей команды Флинта, и Сильвер — глава заговора, цель которого — захватить сокровища…
