Растет интенсивность морских перевозок: с севера и востока везут каспийскую нефть, российское и украинское зерно, сырьевые и химические товары; с запада и юга – в основном, готовую продукцию. Грузооборот бурно растет за счет транзита: к портам подводят новые нефтепроводы с Каспия, работает европейский коридор ТРАСЕКА, включающий паромное сообщение между Болгарией, Украиной и Грузией. Суда загрязняют море горюче-смазочными материалами, случаются и аварии, причиняющие существенный экологический ущерб. Кроме того, активное транзитное судоходство нередко становится причиной "вторжений" чуждых представителей морской флоры и фауны. Так, по данным Всемирного фонда дикой природы, каждый день танкеры перевозят в водах от 7 до 10 тысяч морских видов в разные части земного шара. Именно таким образом в последней трети века в Черное море попал североамериканский гребневик-мнемиопсис. В результате его размножения море по составу в некоторых местах стало напоминать желе, что привело к гибели мелких ракообразных, а впоследствии – рыб и даже дельфинов. Правда, потом тем же был завезен другой "варяг" – хищный гребневик-берое, который подъел мнемиопсиса, и море в значительной степени очистилось. Зато еще один гость – рапан – основательно проредил популяции черноморских мидий, главных очистителей моря от органики.
