А раки-самцы собираются в большие стаи и опускаются в глубокие, темные ямы на дне водоёма. Запятая ставится после слова ГЛУБОКИЕ. Идет перечисление однородных прилагательных (ямы какие? ГЛУБОКИЕ, ТЕМНЫЕ).
А раки-самцы собираются в большие стаи и опускаются в глубокие, темные ямы на дне водоёма. Запятая ставится после слова ГЛУБОКИЕ. Идет перечисление однородных прилагательных (ямы какие? ГЛУБОКИЕ, ТЕМНЫЕ).