Не высоким ростом был отец.
Отец был невысокий ростом.
=
Отец был вовсе не высоким человеком, а наоборот - весьма низкорослым.
Не высоким ростом был отец.
Отец был невысокий ростом.
=
Отец был вовсе не высоким человеком, а наоборот - весьма низкорослым.