Как проверить гласную и в глаголе "понимаешь" ?

Гласная в корне с чередованием.
В корнях с чередованием гласных е-и пишется буква и, если после корня есть суффикс -а-. В остальных случаях пишется е.
Понимаешь: по- - приставка, -ним- - корень, -а- - суффикс, -ешь - окончание.
После корня имеется суффикс -а-, следовательно, в корне слова пишется буква -и- (см. правило).