Как проверить в слове любят, букву я? ?

Никак
Личные окончания глаголов
Различается написание личных окончаний глаголов в настоящем или будущем простом времени:
а)      в I спряжении: -ешь, -ет, -ем, -ете-, -ут или -ют;
б)      во II спряжении: -ишь, -ит, -им, -ите, -aт или -ят.

Вот. Это окончания.

Любят суффикс -ят-
потому что у глагола может быть суффикс -ать-(-ять-) но в данном случае -ат-(-ят-)